A Pequena Amélie é uma potente história sobre o poder de cura do afeto. Amélie é uma menina belga que nasceu num estado vegetativo e, por isso, acredita que sua condição é divina, tornando-a uma deusa. No seu aniversário de dois anos, um terremoto faz com ela saia desse estado inerte e se mova livremente pelo mundo. Ao provar chocolate pela primeira vez, Amélie também é confrontada com um senso de curiosidade único. Percebendo que o mundo externo é repleto de novidades e coisas para conhecer, Amélie parte numa aventura para explorar o máximo do universo que ela consegue. Nesse meio tempo, ela desenvolve um forte laço com a governanta da família Nishio-San, descobrindo as maravilhas da natureza e a verdade por trás da vida idílica que sua família estrangeira vive no Japão pós-guerra.